שנות ה-90 שינויים בארגון

גולת הכותרת במהפך הארגוני תדמיתי שעברה תנובה לקראת הכניסה לשנות ה-2000 היה השקת לוגו חדש לחברה בינואר 1999.
מעצב הבית של תנובה, ברוך נאה, סיפר: "הלוגו הקודם שימש את תנובה 25 שנה והמסרים העיצוביים שלו כבר לא שרתו את המטרה. יחד עם זאת היה לנו ברור שקיימים בו נכסים עיצוביים שחבל יהיה להיפרד מהם. התדמית אינה נשענת רק על ההווה, אלא קשורה למסורת ארוכה ולשורשים הנטועים בעבר בהיסטוריה ובערכים שמלווים את תנובה מאז הקמתה".
בלוגו החדש התאחדו שלושת העיגולים לצורה עגולה מושלמת, המסמלת את תנובה כיישות אחת חזקה ומודרנית. בתוך העיגול נמצאים שלושה כתמי צבע המסמלים את החטיבות בחברה. האדום לבשר, הכחול לחלב והירוק לירקות. במרכז נמצאת האות ת', בגילגולה המודרני והמופשט יותר, המשדר זרימה ומהווה קשר בין שלוש החטיבות. האות הלבנה מתקשרת לניקיון ולטוהר. מתחת ללוגו מופיע השם תנובה בפונט שאף הוא עוצב מחדש.